С апреля 1943 года сержант С. П. Шпуняков в действующей армии. Сражался на Северо - Кавказском, Южном, 4-м Украинском, 3-м Белорусском, 1-м Белорусском фронтах.
К 9 маю 1945 года заместитель командира эскадрильи он же штурман 402-го истребительного авиационного полка (265-я истребительная авиационная дивизия, 3-й истребительный авиационный корпус, 16-я Воздушная армия, 1-й Белорусский фронт) старший лейтенант С. П. Шпуняков совершил 335 боевых вылетов, в 51 воздушном бою сбил 15 самолётов противника и 5 уничтожил на земле. В годы войны Шпуняков часто летал ведомым у командира корпуса Е. Я. Савицкого, имевшего позывной «Дракон».
15 мая 1946 года за мужество и воинскую доблесть, проявленные в годы Великой Отечественной войны, удостоен звания Героя Советского Союза.
14 июня 1944 года в числе 25 воинов Советской Армии награждён орденом «Лётный Крест за отличие» - высшей наградой для пилотов США.
В 1945 году Сергей Павлович окончил Высшие офицерские лётно - тактические курсы, в 1955 году успешно окончил Военно - Воздушную академию им. Гагарина в Монино. Командовал полком на Тоцком полигоне.
2 января 2004 года полковник С. П. Шпуняков, последний из Героев полка, умер.
В школьном музее «Боевой путь 3 истребительного авиационного корпуса» хранятся документы военного и послевоенного времени, переданные самим Шпуняковым С.П , а затем его сыном Шпуняковым Ю.С.